Sebagai kelanjutan dari Metodologi Penelitian I, Metodologi Penelitian II adalah mata kuliah berbasis kinerja mahasiswa dalam bentuk 18 tugas dimana mahasiswa secara individual dan berkelompok dituntut mampu merancang dan mempraktekkan suatu kegiatan penelitian ilmiah dalam bidang kependidikan, utamanya manajemen pendidikan Islam, dalam bentuk penelitian kuantitatif, kualitatif dan studi pustaka. Pada paruh pertama semester, mahasiswa diajarkan dan sekaligus mempraktekkan cara merancang penelitian secara benar sesuai dengan kaidah penelitian kuantitatif, kualitatif dan studi pustaka sebagaimana selama ini dipraktekkan di negara asalnya, Barat. Sedangkan pada paruh akhir semester, mahasiswa terjun ke lapangan (atau perpustakaan untuk studi pustaka) untuk mengumpulkan data. Setelah itu, mahasiswa mempraktekkan olah/analisa data sekaligus menarik kesimpulan dari penelitian yang telah dilakukan dalam bentuk laporan penelitian ilmiah.